電子帳簿保存法で運送業の請求書管理はどう変わる？実務対応を解説

「うちは紙の請求書だけだから、電子帳簿保存法は関係ない」。運送会社の経理現場では、いまもよく聞く言葉です。ですが、荷主から見積書のPDFをメールで受け取ったり、荷主の受発注システムから請求データをダウンロードしたり、複合機で受信したFAXをPDFのままサーバーに置いたりしている会社は、実際には少なくありません。こうしたやり取りは一つひとつが電子取引にあたり、そのデータは電子帳簿保存法の対象になります。2024年1月以降に行う電子取引については、データを紙に印刷した書面の保存で代えることはできません。本記事では、運送業のバックオフィスという視点から、何が対象で、何をすれば要件を満たすのかを整理します。

電子帳簿保存法の3つの区分と、対応が必要なのはどれか

電子帳簿保存法は、帳簿や書類を電子データで保存するときのルールを定めた法律で、制度は3つに区分されています。混乱しやすいのは、3つのうち2つは希望する事業者だけが使う任意の制度で、法人・個人事業者ともに対応が必要なのは1つだけ、という点です。

「電子帳簿等保存」は、会計ソフト等で作成した帳簿・書類を、紙に出さずデータのまま保存する制度です。「スキャナ保存」は、紙で受け取った請求書等をスキャンして電子データで保存する制度です。どちらも希望者のみが使う任意の制度で、使わなければ従来どおり紙で保存すれば足ります。

一方、「電子取引データ保存」は対応が必要です。メールやPDF、EDIなどで授受した取引情報を、電子データのまま保存することが求められます。運送会社がまず押さえるべきなのは、この3つ目です。

「うちは紙だけ」でも対象になる理由

電子取引とは、取引情報の授受を電子的な方法で行う取引を指します。ここでいう取引情報は請求書に限りません。国税庁は、注文書・契約書・送り状・領収書・見積書など、書面でやり取りしていれば保存が必要になる書類に相当するデータを挙げています。運送業でいえば、送り状や傭車の依頼書、燃料代の領収書までが視野に入ります。

対象になるのは受け取ったデータだけではありません。自社が電子で交付したデータも対象です。荷主へPDFの請求書をメール送信しているなら、その控えのデータも保存しておく必要があります。

具体的には、次のようなやり取りが電子取引にあたります。

• メールに添付されたPDFの請求書・領収書を受け取る、または送る
• 荷主のWebサイトや受発注システムから請求データをダウンロードする
• EDIや電子請求書のクラウドサービスで請求書を授受する
• ペーパーレス化されたFAX機能を持つ複合機でデータを受信する

見落としやすいのは最後の項目です。協力会社とのやり取りが電話・FAX中心のまま複合機だけ新しくした結果、受信データがPDFでサーバーに溜まっている、という状態はすでに電子取引データ保存の対象に入っています。

なお、紙の請求書を郵送で受け取り、同じ内容のデータは受け取っていない場合は、電子取引にはあたりません。紙の原本をそのまま保存すれば足ります。スキャナ保存を使って電子化するかどうかは、あくまで自社の判断です。

なぜ運送業のバックオフィスに影響が大きいのか

荷主・傭車先とのやり取りの電子化が進んでいる

物流DXの流れの中で、請求書をメールやPDF、専用システム経由でやり取りする運送会社が増えています。デジタル化を進めるほど、電子取引データ保存の対象になる書類も増えるという関係にあります。受け取ったデータを印刷して紙のファイルに綴じるだけでは、法令上の保存にはなりません。

多重下請け構造で書類の数も関係者も多い

運送業は元請け・下請け・傭車先という多層的な取引構造を持つことが多く、やり取りされる請求書や契約書の数も相応に多くなります。取引先が多いほど、電子でやり取りする相手と紙でやり取りする相手が混在しやすく、どちらのルールで保存すべきかの切り分けが煩雑になります。

ファクタリング利用時の請求書提出にも効いてくる

ファクタリングの申込では、対象となる請求書や契約書をファクタリング会社に提出します。日付・金額・取引先で引ける状態にデータが整理されていれば、必要な書類をすぐ揃えられます。逆に、メールの受信箱を遡って探すような管理のままだと、急いで資金化したい場面ほど手間取ることになります。

電子取引データ保存で求められる3つのルール

国税庁は、電子取引データの原則的な保存ルールを3つに整理しています。

改ざん防止の措置は4つの選択肢のうちどれか1つを満たせばよく、タイムスタンプの導入が必須というわけではありません。なお、受け取ったデータに自社でタイムスタンプを付与する方法を選ぶ場合、付与の期限は最長でも、データを授受してから2か月とおおむね7営業日以内とされています。

紙で保存していた頃と何が変わるのかを並べると、次のようになります。

専用システムを入れずに要件を満たす方法

事務処理規程を定めて運用する

改ざん防止の措置として、多くの中小事業者が現実的に選べるのが事務処理規程です。「電子取引データの訂正及び削除の防止に関する事務処理規程」を定め、それに沿って運用します。国税庁が法人の例・個人事業者の例のサンプルを公開しているので、自社の体制に合わせて手を入れれば整備できます。この方法自体に費用はかかりません。

ファイル名のルールと索引簿で検索できるようにする

検索機能も、専用システムがなければ満たせないというものではありません。国税庁は簡易な方法として2つを示しています。1つは、表計算ソフトで索引簿（連番・日付・金額・取引先）を作り、そこから該当データを探せるようにする方法です。もう1つは、日付・金額・取引先の順に並べた規則性のあるファイル名を付け、特定のフォルダに集約する方法です。コストをかけずに始める物流DXと発想は同じで、まずは手元のツールでルールを決めるところから着手できます。

売上高によっては検索機能が不要になる

基準期間（法人は前々事業年度）の売上高が5,000万円以下の事業者は、検索機能の確保そのものが不要とされています。また、電子取引データを出力した書面を取引年月日その他の日付および取引先ごとに整理して提示・提出できるようにしている事業者も同様です。いずれも、税務調査等でデータのダウンロードの求めに応じられるようにしていることが前提になります。自社が該当するかどうかは、国税庁の公表資料や顧問税理士に確認してください。

なお、手作業の運用で件数が増えてきた場合は、請求書管理システムやクラウド会計ソフトの導入を検討する価値があります。保存要件への対応と経理の効率化を同時に進められます。

対応が間に合わないときの猶予措置

原則的な保存ルールへの対応が間に合わない場合に備えて、猶予措置が設けられています。適用されるのは、次の2つをどちらも満たす場合です。

1. 原則的な保存ルールに従って保存できなかったことについて、所轄税務署長が相当の理由があると認めること。事前の届出は不要で、人手不足・システム整備の資金不足・システム整備が間に合わないといった事情も相当の理由として認められます
2. 税務調査の際に、電子取引データのダウンロードの求めと、それをプリントアウトした書面の提示・提出の求めの、両方に応じられるようにしていること

この場合は、保存時の要件を満たしていなくても、電子取引データを保存しておけば足ります。ただし、データを消してよいという話ではありません。猶予措置の下でも、電子取引データそのものを残しておくことが出発点になります。「まだ対応できていない」という会社が今日からできる最優先の一手は、届いたデータを捨てずに残すことです。

対応を怠った場合のリスク

災害等のやむを得ない事情や、税務署長が相当の理由があると認める事由がないまま、電子取引データが要件に従って保存されていない場合、国税庁は青色申告の承認の取消対象となり得るとしています。ただし、その適用は違反の程度等を総合勘案し、真に青色申告書を提出するにふさわしくないと認められるかどうかを検討したうえで判断されるとも明記されており、要件を1つ満たしていないだけで直ちに取り消される性質のものではありません。

一方で、電子取引データを出力した書面は、保存書類として取り扱われません。申告内容が適正かどうかは、税務調査での追加的な説明や資料提出、取引先の情報などを総合勘案して確認されることになります。「印刷してあるから大丈夫」という前提は、もう通用しないと考えたほうが安全です。さらに、電子取引データに関連して隠蔽や仮装があった場合には、重加算税が10%加重される措置も設けられています。

デジタル化は義務対応にとどまらない

電子帳簿保存法への対応は、法令遵守のためだけの作業ではありません。日付・金額・取引先で引ける状態にデータを整えることは、書類を探す時間と保管スペースを減らし、月次の締めを早めることにつながります。バックアップを取っておけば、火災や水濡れで原本を失うリスクも下げられます。データを社内に持つ以上、情報セキュリティの備えを併せて進めることが前提になりますが、それを含めても紙のままより管理しやすくなる面は大きいはずです。

取引データが揃っている状態は、資金調達の場面でも効いてきます。受発注データによって債権の実在性が裏づけられるほど、審査で必要になる確認の手間は軽くなります。

制度の方向性も、その先を向いています。2025年度（令和7年度）の税制改正では、請求書等の電子取引データを自動で保存し帳簿に自動連携する仕組みに対応した「デジタルシームレス保存」の制度が新設されました。一定の要件を満たすと、重加算税の10%加重措置の対象から除外されるというもので、この適用除外は2027年1月1日以後に法定申告期限が到来する国税から適用され、利用には事前の届出書の提出が必要です。今すぐ全社で取り組む話ではありませんが、システムを入れ替える時期が来たときの判断材料にはなります。

まとめ

電子取引データ保存は、運送業のバックオフィスにとって避けて通れない対応です。紙の請求書しか扱っていないつもりでも、メール添付のPDF、荷主のシステムからのダウンロード、ペーパーレスFAXでの受信は、いずれも電子取引にあたります。求められるのは、改ざん防止の措置・見読可能装置の備付け・検索機能の確保という3つのルールで、改ざん防止は事務処理規程、検索は索引簿やファイル名のルールという、費用をかけない方法でも満たせます。対応が間に合わない場合の猶予措置も用意されていますが、その前提はデータを残しておくことです。

完璧な体制を一度に整えようとせず、自社の取引量に見合った方法から着手するほうが、無理なく続けられます。なお、制度の詳細な要件や自社への適用可否は改正が重ねられている領域なので、国税庁の最新の公表情報や顧問税理士に確認しながら進めてください。

※制度の詳細要件・猶予措置の適用可否は、必ず国税庁の公式情報や顧問税理士にご確認ください。

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参考・出典

• 電子帳簿等保存制度特設サイト（国税庁）
• 電子帳簿保存法対応！令和6年1月以降の電子取引データの保存方法について（国税庁）
• 参考資料（各種規程等のサンプル）（国税庁）